环境微生物研究团队主要以环境微生物为研究对象，以微生物资源收集、评价与利用和微生物生态学为主要研究任务，开展环境因子-微生物生态互作、微生物-微生物生态互作机制研究，建立根际有益优势微生物资源库和耐盐植物种质资源库，研发植物微生态制剂及应用技术，实现退化土壤的微生物-植物修复，为山东省土壤微生态环境修复、特定生态系统修复、植物健康、农产品食品安全提供技术支持。

团队现有科研人员17人，其中国家重点研发计划首席专家1人，山东省有突出贡献中青年专家2人，正高级职称6人，副高职称6人，高端外国专家2人，智惠山东专家1人；博士生导师6人，硕士生导师11人。