山东省科学院生态研究所为省级科研机构，由科学院抽调精干力量于2015年5月组建而成。主要从事生态环境保护领域基础与应用研究，研究方向包括能源高效利用、碳排放及碳市场建设、生态与低碳发展战略、有机污染修复技术与装备、农业面源污染控制与修复技术、水环境及湿地生态治理理论及应用技术、土壤微生物作用机制及修复技术等。
   研究所坚持国际合作与国内合作相结合、产学研用一体化研发模式，先后与国内外30余家高校、科研机构建立了合作关系，形成设备、场地、人才、资源等合作共享机制，建有山东省碳中和技术创新中心、山东省应用微生物重点实验室、山东省中澳植病生防合作研究中心3个省级平台。先后与澳大利亚联邦科学院、阿德莱德大学、乌克兰国家科学院、北京师范大学等联合建立了“黄河三角洲生态修复联合实验室”、“济南市土壤污染控制与环境修复工程实验室”、“中澳土壤健康与生态修复联合实验室”，“中乌生态修复联合实验室”。现有职工61人，其中博士24人，硕士21人，高级职称32人，山东省有突出贡献中青年专家2人、泰山学者特聘专家1人。